Информационно-поисковая система SciFinder
Покупка
Издательство:
Директ-Медиа
Автор:
Зибарева Инна Владимировна
Год издания: 2020
Кол-во страниц: 160
Дополнительно
Вид издания:
Учебно-методическая литература
Уровень образования:
ВО - Магистратура
ISBN: 978-5-4499-0527-7
Артикул: 801812.01.99
Настоящее пособие предназначено для обучения работе с информационно-поисковой системой SciFinder — основным современным электронным источником научно-технической информации по химии, химической технологии и ряду смежных дисциплин. Оно состоит из трех разделов и приложения. Разделы посвящены базам данных (БД) различного типа — библиографическим (в том числе патентным), структурно-химическим и БД химических реакций. В каждом из них с учетом специфики рассматриваемых БД описаны поиск информации, возможности просмотра, анализа и уточнения его результатов, их сохранение для последующей работы. В приложении содержатся вспомогательные сведения и дополнительные советы и рекомендации. Пособие предназначено для студентов Факультета естественных наук НГУ, обучающихся по магистерской программе высшего профессионального образования (МП ВПО) «Энергоэффективный катализ» (020100.68.19) и другим программам его химического отделения.
Текст приводится в авторской редакции.
Тематика:
ББК:
УДК:
ОКСО:
ГРНТИ:
Скопировать запись
Фрагмент текстового слоя документа размещен для индексирующих роботов
И. В. Зибарева ИНФОРМАЦИОННО-ПОИСКОВАЯ СИСТЕМА SciFinder Учебно-методическое пособие Москва Берлин 2020
УДК 004.78:025.4.36(075) ББК 32.972.3я73+24в615.2я73 З-59 Рецензент: Ведягин А. А. — канд. хим. наук. Зибарева, И. В. З-59 Информационно-поисковая система SciFinder : учеб.-метод. пособие / И. В. Зибарева. — Москва ; Берлин : Директ-Медиа, 2020. — 160 с. ISBN 978-5-4499-0527-7 Настоящее пособие предназначено для обучения работе с информационно-поисковой системой SciFinder — основным современным электронным источником научнотехнической информации по химии, химической технологии и ряду смежных дисциплин. Оно состоит из трех разделов и приложения. Разделы посвящены базам данных (БД) различного типа — библиографическим (в том числе патентным), структурно-химическим и БД химических реакций. В каждом из них с учетом специфики рассматриваемых БД описаны поиск информации, возможности просмотра, анализа и уточнения его результатов, их сохранение для последующей работы. В приложении содержатся вспомогательные сведения и дополнительные советы и рекомендации. Пособие предназначено для студентов Факультета естественных наук НГУ, обучающихся по магистерской программе высшего профессионального образования (МП ВПО) «Энергоэффективный катализ» (020100.68.19) и другим программам его химического отделения. Текст приводится в авторской редакции. УДК 004.78:025.4.36(075) ББК 32.972.3я73+24в615.2я73 ISBN 978-5-4499-0527-7 © Зибарева И. В., текст, 2020 © Издательство «Директ-Медиа», оформление, 2020
Оглавление ПРЕДИСЛОВИЕ ........................................................................................................................... 6 ВВЕДЕНИЕ ................................................................................................................................... 8 1. ПОИСК В БИБЛИОГРАФИЧЕСКИХ БД ......................................................................... 12 Поиск библиографической информации .............................................................................. 12 Опции поиска библиографической информации ............................................................. 12 Тематический поиск ............................................................................................................ 13 Поиск по автору ................................................................................................................... 16 Поиск по названию организации ........................................................................................ 17 Поиск по идентификаторам документов ........................................................................... 18 Поиск по названию журнала ............................................................................................... 19 Поиск патентных документов ............................................................................................ 20 Поиск по меткам / тегам ...................................................................................................... 22 Просмотр и анализ результатов библиографического поиска ............................................ 23 Опции просмотра и анализа библиографических ссылок ............................................... 23 Просмотр набора ответов .................................................................................................... 23 Быстрый просмотр информации из библиографической ссылки ................................... 24 Сортировка документов ...................................................................................................... 25 Просмотр деталей найденных при поиске документов ................................................... 26 Анализ текущего набора ответов ....................................................................................... 26 Экспорт анализируемой информации ............................................................................... 29 Предварительный анализ .................................................................................................... 30 Категоризация документов ................................................................................................. 31 Возврат к предыдущему набору ответов ........................................................................... 32 Уточнение набора ответов ...................................................................................................... 33 Опции уточнения набора ответов ...................................................................................... 33 Удаление дублетных записей из БД Medline .................................................................... 33 Сохранение или удаление отмеченных документов ........................................................ 34 Уточнение набора ответов дополнительными критериями ............................................ 34 Комбинирование результатов поиска ................................................................................ 35 Извлечение дополнительных данных из найденных документов ...................................... 36 Опции извлечения данных .................................................................................................. 36 Получение данных о веществах ......................................................................................... 37 Получение данных о реакциях ........................................................................................... 38 Получение данных о цитируемых публикациях .............................................................. 39 Получение данных о цитирующих публикациях ............................................................. 40 Получение полных текстов документов ............................................................................ 40 Сохранение документов и обмен ими ................................................................................... 41 Опции сохранения документов и обмена ими .................................................................. 41 Сохранение текущего набора ответов ............................................................................... 42 Обмен записями ................................................................................................................... 43 Экспорт записей ................................................................................................................... 44 Импорт записей .................................................................................................................... 46 Распечатка записей в формате PDF ................................................................................... 46 Отправка записей в SciPlanner ............................................................................................ 48 Открытие сохраненного набора ответов ........................................................................... 49 Редактирование информации о сохраненном наборе ответов ........................................ 50 Удаление сохраненных наборов ответов ........................................................................... 50 Комментирование и маркирование записей ......................................................................... 51 Опции комментирования и маркирования записей .......................................................... 51
Добавление комментариев к записям ................................................................................ 51 Добавление тегов к записям и их использование ............................................................. 53 Удаление тегов ..................................................................................................................... 54 Редактирование или удаление комментариев к записям ................................................. 54 Доступ к патентам с помощью PatentPak .............................................................................. 56 2. ПОИСК ИНФОРМАЦИИ О ВЕЩЕСТВАХ ..................................................................... 59 Проведение поиска по веществам ......................................................................................... 59 Опции поиска по веществам ............................................................................................... 59 Поиск по точной структуре Exact Structure ....................................................................... 60 Поиск по фрагменту структуры Substructure .................................................................... 61 Поиск структурно-подобных веществ Structure Similarity .............................................. 63 Поиск патентов по структурам Маркуша .......................................................................... 65 Поиск по молекулярной формуле ...................................................................................... 67 Поиск по физическим свойствам ....................................................................................... 68 Поиск по идентификатору вещества .................................................................................. 75 Использование набора веществ для нового поиска ......................................................... 75 Просмотр, анализ и уточнение наборов веществ ................................................................. 76 Опции просмотра, анализа и вывода веществ .................................................................. 76 Просмотр / вывод веществ .................................................................................................. 78 Сортировка веществ ............................................................................................................ 79 Вывод детальной информации о веществе ....................................................................... 80 Анализ текущего набора ответов ....................................................................................... 80 Сохранение или удаление выбранных / маркированных веществ .................................. 82 Уточнение набора ответов с помощью дополнительных критериев .............................. 83 Уточнение результатов значением / величиной физических свойств ............................ 84 Уточнение набора ответов присоединением атомов ....................................................... 85 Возврат к предыдущему набору ответов ........................................................................... 87 Комбинирование наборов веществ .................................................................................... 87 Получение сопутствующих данных для веществ ................................................................ 89 Получение библиографических ссылок для вещества ..................................................... 89 Нахождение реакций, связанных с веществом ................................................................. 91 Поиск коммерческих источников веществ ....................................................................... 92 Получение нормативной информации для веществ ......................................................... 93 Сохранение информации о веществах и обмен ею .............................................................. 94 Сохранение текущего набора веществ .............................................................................. 94 Обмен информацией по веществам ................................................................................... 95 Экспорт веществ .................................................................................................................. 96 Импорт веществ ................................................................................................................... 99 Печать списка веществ ........................................................................................................ 99 Отправка веществ в SciPlanner ......................................................................................... 101 Открытие сохраненного набора веществ ........................................................................ 101 Редактирование информации о сохраненном наборе веществ ..................................... 102 Удаление сохраненных наборов веществ ........................................................................ 103 3. ПОИСК ИНФОРМАЦИИ О РЕАКЦИЯХ ....................................................................... 104 Проведение поиска по реакциям ......................................................................................... 104 Основные опции поиска химических реакций: .............................................................. 104 Поиск по структурам ......................................................................................................... 105 Расширенные поисковые опции ....................................................................................... 108 Спецификация растворителей .......................................................................................... 109 Спецификация не участвующих функциональных групп ............................................. 111 Нахождение подобных реакций ....................................................................................... 113 Нахождение дополнительных реакций ........................................................................... 114
Просмотр, анализ и уточнение набора реакций ................................................................. 115 Просмотр набора реакций ................................................................................................. 117 Быстрый просмотр информации о публикации .............................................................. 118 Быстрый просмотр информации о веществе .................................................................. 119 Группировка реакций ........................................................................................................ 120 Сортировка реакций .......................................................................................................... 121 Просмотр экспериментальных методик .......................................................................... 122 Сохранение или удаление выбранных реакций .............................................................. 124 Анализ текущего набора реакций .................................................................................... 125 Уточнение набора реакций с помощью дополнительных критериев ........................... 127 Возвращение к предыдущему набору реакций ............................................................... 128 Комбинирование наборов реакций .................................................................................. 129 Получение дополнительных данных для найденных реакций ......................................... 131 Получение библиографических ссылок .......................................................................... 131 Получение полного текста библиографической ссылки ............................................... 132 Получение информации о веществе ................................................................................ 133 Нахождение коммерческих источников веществ – участников реакции ..................... 135 Сохранение текущего набора реакций ................................................................................ 136 Обмен наборами реакций .................................................................................................. 137 Экспорт реакций ................................................................................................................ 138 Импорт реакций ................................................................................................................. 139 Печать результатов поиска ............................................................................................... 140 Отправка реакций в SciPlanner ......................................................................................... 141 Открытие сохраненного набора реакций ........................................................................ 142 Редактирование сохраняемого набора реакций .............................................................. 143 Удаление сохраненных наборов реакций ........................................................................ 143 Нахождение коммерческих источников .......................................................................... 144 Опции нахождения коммерческих источников .............................................................. 144 Поиск коммерческих источников .................................................................................... 145 Сортировка списка коммерческих источников .............................................................. 145 Редактирование списка коммерческих источников ....................................................... 146 Анализ коммерческих источников ................................................................................... 147 Просмотр дополнительных сведений о коммерческих источниках ............................. 148 Задание статуса коммерческих источников .................................................................... 149 Печать списка коммерческих источников ....................................................................... 150 Экспорт данных о коммерческих источниках ................................................................ 151 ПРИЛОЖЕНИЕ ......................................................................................................................... 153
ПРЕДИСЛОВИЕ «Мы утратили мудрость ради знаний, знания потеряли в информации, а информацию в данных» – констатация, начатая Т. С. Элиотом еще в первой половине прошлого века и продолженная позже А. Кливлендом, как нельзя лучше отражает объективную ситуацию. Стремительный количественный рост научной информации (по одному из определений, наука – это процесс производства и потребления информации, в котором ее объем на выходе превышает объем на входе) порождает серьезные проблемы, связанные с ее сбором, хранением, обработкой, систематизацией, адресным поиском и эффективным использованием. В настоящее время период удвоения количества научной информации составляет менее 10 лет (для всей хранимой в мире информации ~ 3 г.; по оценкам, в 2007 г. ее общий объем составлял ~295 миллиардов гигабайт; сейчас каждые два дня человечество генерирует столько информации, сколько ее было создано от начала нашей цивилизации до 2003 г. – около 5 экзабайт). В этих условиях владение современными информационными технологиями и умение эффективно работать с электронными информационными ресурсами – критически важный аспект профессиональной подготовки ученых-исследователей и преподавателей высшей школы. Для них все более актуальным становится получение информации об информации. Особенно это касается химии, где информация очень быстро накапливается и медленно устаревает. По мысли В. А. Коптюга, который много лет был заведующим кафедрой органической химии и ректором НГУ в 1978–1980 гг., «для химика информация зачастую важнее реактивов». Помимо огромного объема – известно уже более 160 млн химических веществ (из них индивидуальных – органических и неорганических – более 100 млн) – ситуация осложнена спецификой химической информации. В химии используются структурные формулы, реакционные схемы, систематические и тривиальные названия веществ. Быстро прогрессирует диверсификация источников, включая патенты, в которых аккумулируется все больше и больше новых химических данных. Поэтому неудивительно, что необходимость специального обучения поиску химической информации была ясно осознана еще в середине прошлого века – предмет слишком сложен для самообразования. Динамика количества веществ, зарегистрированных в Chemical Abstracts Service (БД CAS Registry) в 1965–2015 гг. [URL: https://www.cas.org/news/media-releases/100-millionth-substance]
Настоящее пособие посвящено обучению работе с информационно-поисковой системой SciFinder, произведенной (в 1995 г.) и поддерживаемой Службой химических рефератов (Chemical Abstracts Service, CAS) Американского химического общества (American Chemical Society, ACS), США. Тематически система предназначена для специалистов в области химии, химической технологии и материаловедения, биохимии и биомедицины, включая фармацевтику. Она также содержит смежную с этими дисциплинами информацию по физике, геологии, металлургии, медицине и т. д. Функционально система SciFinder ориентирована на «конечных пользователей»: научных сотрудников, преподавателей, аспирантов и студентов, самостоятельно проводящих в режиме онлайн поиск научнотехнической информации, необходимой для их исследовательской и / или учебной работы. В системе SciFinder на единой технологической платформе размещены семь баз данных (БД): библиографические CAPlus (химия) и Medline (биомедицина); структурно-химические CAS Registry (далее – Registry; химические соединения), CASReact (химические реакции) и Marpat (структуры Маркуша в патентах); справочные ChemCats (объединенный каталог коммерчески доступных веществ) и ChemList (правовая информация по химическим соединениям). В ней возможны следующие виды информационного поиска: библиографический – по автору, организации, ключевым словам (CAPlus, Medline) – и по химическим реакциям (CASReact) и структурам соединений (Registry), включая структуры Маркуша (охватывающие соединения с общим структурным фрагментом и различными заместителями) в патентах (Marpat). В библиографических БД имеется опция, позволяющая найти цитирование публикаций начиная с 1997 г. Работа с системой SciFinder, как и использование данного пособия, предполагает знание английского языка, включая научную терминологию, в университетском объеме. При подготовке пособия использован собственный многолетний опыт работы с системой SciFinder, монография [1] и учебные материалы, размещенные на сайте CAS [2]. Все использованные в пособии рисунки и снимки экранов, а также логотип системы SciFinder воспроизведены с разрешения CAS. 1. Ridley D. D. Information Retrieval: SciFinder. 2nd Edition. Wiley, 2009. 2. Scifinder. URL: https://scifinder.cas.org/help/scifinder/R33/index.htm.
ВВЕДЕНИЕ Для работы с информационно-поисковой системой (ИПС) SciFinder пользователю необходимы идентификатор и пароль, которые нужно ввести в соответствующие поля Username и Password бланка Sign In. При входе в систему появляется начальный экран, обеспечивающий следующие возможности: − поиск библиографической информации и информации о химических веществах и реакциях; − работа с сохраненными наборами ответов и протоколами поиска; − визуальная систематизация найденной информации; − быстрый доступ к сохраненным наборам ответов; − быстрый доступ к результатам текущего оповещения; − настройка предпочтений; − помощь в работе. На этом экране можно: − выбрать тип поиска: библиографических ссылок, химических веществ и реакций; − просматривать, редактировать, удалять, объединять сохраненные наборы ответов; − просматривать, удалять, объединять результаты автоматического текущего оповещения о появлении новых результатов поиска; − просматривать, распечатывать, экспортировать историю текущего или предыдущих поисков; − визуально систематизировать результаты поиска: ссылки, вещества или реакции; − получить помощь в работе; доступ к обучающим материалам; информацию о новых возможностях и изменениях; возможность информирования провайдера о проблемах, отправки ему комментариев и вопросов. Выбор типа поиска означает выбор соответствующих баз данных: Explore References Explore Substances Explore Reactions Библиографический поиск Поиск веществ Поиск реакций БД CAPlus и БД Medline БД Registry, БД ChemCats и БД ChemList БД CASReact В системе SciFinder доступны БД CAPlus, Registry, CASReact, Marpat, Medline, ChemCats и ChemList, содержащие следующую информацию по научным публикациям (References), химическим веществам (Substances) и реакциям (Reactions): Тип информации Содержание и охват* Поисковые термины Библиографические ссылки > 41 млн ссылок из патентов 63 патентных ведомств и > 10 тыс. научных журналов из БД CAPlus, > 24 млн ссылок из БД Medline; ретроспектива до 1907 г., для некоторых статей и патентов глубже Тематика, автор, организация, источник
Тип информации Содержание и охват* Поисковые термины Вещества ~100 млн индивидуальных химических веществ и > 66 млн. биопоследовательностей; > 4,5 млн. (для 3 млн веществ) экспериментальных и 3,7 млрд (для 80,4 млн веществ) расчетных свойств; > 1,4 млн экспериментальных (для 983 тыс. веществ) и > 79,7 млн расчетных спектров ЯМР 1Н и 13C; ретроспектива до 1800 г.; информация из > 980 каталогов (> 870 поставщиков) для > 100 млн коммерчески доступных веществ (> 29 млн регистрационных номеров веществ CAS); нормативная информация для > 343 тыс. веществ Химическое название, регистрационный номер вещества CAS, молекулярная (суммарная, брутто-) формула, химическая структура (включая структуры Маркуша в патентах) Реакции > 68,8 млн одно- и многостадийных реакций; >13,9 млн препаративных синтезов; ретроспектива до 1840 г. Схемы реакций, превращения функциональных групп * Количественные характеристики БД, информационное наполнение которых быстро увеличивается, приведены на ноябрь 2015 г. Текущая статистика доступна на сайте CAS (URL: http://www.cas.org/content/at-a-glance). Более подробное описание БД содержится в приложении и на сайте CAS. Характеристика баз данных ИПС SciFinder По характеру информации БД системы SciFinder можно классифицировать как библиографические / реферативные (CAPlus и Medline), БД химических веществ (Registry, Marpat, ChemCats и ChemList) и БД химических реакций (CasReact). Библиографические БД CAPlus и Medline предоставляют возможность поиска по библиографической информации, результатом которого являются ссылки на публикации и тексты их рефератов. БД CAPlus охватывает химию, химическую технологию и ряд смежных дисциплин, включая физику, материаловедение, биохимию и химическую информатику. Она содержит записи для всех документов, учтенных CAS с 1907 г., а также ~180 тыс. записей для более ранних документов. Цитируемые ссылки регистрируются для журнальных публикаций, материалов конференций и основных (basic) патентов, изданных патентными службами США и ФРГ, а также Европейским патентным офисом (European Patent Office, EPO) и Всемирной организацией интеллектуальной собственности (World Intellectual Property Organization, WIPO) начиная с 1999 г. В БД CAPlus каждый реферат помещается в тематическую рубрику, соответствующую основному содержанию публикации. Рубрики сгруппированы в пять разделов: биохимия (BIO); органическая химия (ORG); химия высокомолекулярных соединений (MAC); прикладная химия (APP) и химическая технология; физическая, неорганическая и аналитическая химия (PIA). Среди источников информации БД CAPlus ~380 российских изданий, ~80 из которых входят в список т. н. «ведущих» журналов (core journals), содержащий ~1600 наименований.
До 1995 г. учитывались только оригинальные версии российских изданий, после – селективно реферируются английские переводы 95 журналов (URL: http://www.cas.org/products/print/ca/translate.html). C октября 1994 г. в БД CAPlus реферируются не только все статьи из ~1600 ведущих химических журналов, но и документы (библиографии, рецензии книг, т. д.), не учитываемые в печатном реферативном журнале Chemical Abstracts (РЖ CA; издание прекращено в 2010 г.). Кроме того, БД CAPlus обеспечивает ранний доступ к библиографическим описаниям, рефератам и номерам веществ CAS для документов, находящихся в процессе индексирования. Наряду с этим БД CAPlus предоставляет доступ к информации 63 патентных организаций. БД CAPlus содержит тезаурусы для записей с 1967 г. по настоящее время в полях контролируемых терминов (CA Lexicon), ролей веществ CAS и Международной патентной классификации (International Patent Classification, IPC). Тезаурус CA Lexicon облегчает поиск по классам соединений – как химическим (например, стероиды), так и функциональным (например, красители или антибиотики). Имеется также тезаурус рубрик CA для записей с 1907 г. по настоящее время. Поиск в БД CAPlus возможен по библиографической информации, регистрационным номерам веществ CAS, индексируемым терминам, ролям веществ CAS и Международной патентной классификации, а также рефератам. Возможно сочетание поиска по рефератам CA с поиском в других полях, в том числе индексируемой и контролируемой терминологии. Роли веществ CAS в химических реакциях (например, реактант), иных процессах и / или процедурах приписываются им при обработке первичной литературы. Эти роли полезны при поиске информации (например, такой непростой, как каталитическая), в том числе в сочетании с контролируемыми терминами. Например, использование роли «реактант» и термина «получение» позволяет найти ссылки на реакции соединения, которые могут быть не охвачены в БД CASReact. В целом, использование широко определенных концептов позволяет повысить эффективность поиска. БД Medline содержит информацию по всем областям медицины. Она соответствует печатным изданиям Index Medicus, Index to Dental Literature, International Nursing Index, OldMedline (с данными из Cumulated Index Medicus, 1960–1965 гг.) и Current List to Medical Literature (1958–1959 гг.) и имеет ряд тезаурусов. В БД химических веществ Registry, Marpat, ChemCats и ChemList возможен поиск по структурным формулам соединений или по любым их фрагментам, в том числе по структурам Маркуша; молекулярным формулам; тривиальным, торговым и химическим названиям. Из БД веществ можно получить фактографическую / числовую информацию по свойствам веществ – например, термодинамическим, спектральным и другим. В БД Registry доступна информация о веществах, включающая их структуру и свойства. Она – уникальный интегрированный информационный ресурс, самый надежный и полный источник регистрационных номеров веществ CAS. БД содержит сведения обо всех химических веществах (в том числе о коммерческой доступности и релевантной международной нормативной документации), однозначно идентифицированных регистрационной системой CAS, включая координационные соединения, полимеры, биопоследовательности, сплавы, керамику, композиты и смеси, на основании их состава и строения. Система учитывает стереохимию, таутомерию, альтернирование химических связей и другие структурные особенности соединений. Для включения в БД Registry вещество должно быть описано в первичной литературе однозначными терминами и охарактеризовано физическими методами (в патентных документах – описано в примерах или формулах изобретений), а его графическая формула – соответствовать правилам валентности. БД Marpat охватывает химические патенты. Для периода 1961–1987 гг. она содержит структуры Маркуша из патентов, учтенных Institute Nationale de la Propriete Industrielle (INPI, Франция), с 1988 г. (для российских патентов с 2000 г.) – из всех патентов, учтенных CAS, за исключением корейских. Доступная информация включает библиографические описания и