Известия Тульского государственного университета. Естественные науки, 2016, № 1
научный журнал
Покупка
Тематика:
Общая биология
Издательство:
Тульский государственный университет
Год издания: 2016
Кол-во страниц: 126
Дополнительно
Тематика:
ББК:
- 201: Человек и окружающая среда. Экология человека. Экология в целом. Охрана природы
- 24: Химические науки
- 28: Биологические науки
УДК:
- 54: Химия. Кристаллография. Минералогия. Минераловедение
- 57: Биологические науки
- 574: Общая экология. Биоценология. Гидробиология. Биогеография
ГРНТИ:
Скопировать запись
Фрагмент текстового слоя документа размещен для индексирующих роботов.
Для полноценной работы с документом, пожалуйста, перейдите в
ридер.
Министерство образования и науки Российской Федерации Федеральное государственное бюджетное образовательное учреждение высшего образования «Тульский государственный университет» 16+ ISSN 2071-6176 ИЗВЕСТИЯ ТУЛЬСКОГО ГОСУДАРСТВЕННОГО УНИВЕРСИТЕТА ЕСТЕСТВЕННЫЕ НАУКИ Выпуск 1 Тула Издательство ТулГУ 2016
ISSN 2071-6176 УДК 54, 57-61, 63 Известия ТулГУ. Естественные науки. Вып. 1. Тула: Изд-во ТулГУ, 2016. 127 с. Публикуются результаты научных исследований в области химии, биологии, биотехнологии. Материалы предназначены для научных работников, преподавателей вузов, студентов и аспирантов, специализирующихся в проблематике технических наук. Редакционный совет М.В. ГРЯЗЕВ – председатель, В.Д. КУХАРЬ – зам. председателя, В.В. ПРЕЙС – главный редактор, А.А. МАЛИКОВ – отв. секретарь, И.А. БАТАНИНА, О.И. БОРИСКИН, А.Ю. ГОЛОВИН, В.Н. ЕГОРОВ, В.И. ИВАНОВ, Н.М. КАЧУРИН, В.М. ПЕТРОВИЧЕВ Редакционная коллегия О.Н. Понаморева (отв. редактор), А.А. Горячева (отв. секретарь), В.А. Алфёров, О.В. Александрович, Ю.М. Атрощенко, И.В. Блохин, В.В. Иванищев, М.Б. Каримов, Н.Ф. Кизим, Ю.А. Ким, А.А. Короткова, Н.П. Матвейко, Е.Н. Музафаров, А.Н. Решетилов, И.В. Шахкельдян. Подписной индекс 27845 по Объединённому каталогу «Пресса России» Сборник зарегистрирован в Федеральной службе по надзору в сфере связи, информационных технологий и массовых коммуникаций (Роскомнадзор) ПИ № ФС77-61106 от 19 марта 2015 г. © Авторы научных статей, 2016 © Издательство ТулГУ, 2016
ХИМИЧЕСКИЕ НАУКИ УДК: 543.9:663 КЛЕТКИ МИКРООРГАНИЗМОВ КАК СТРУКТУРООБРАЗУЮЩИЕ АГЕНТЫ В СИНТЕЗЕ ГИБРИДНЫХ КРЕМНИЙОРГАНИЧЕСКИХ МАТЕРИАЛОВ С ПРИМЕНЕНИЕМ ЗОЛЬ-ГЕЛЬ ТЕХНОЛОГИЙ Т.В. Бурмистрова, Д.Г. Лаврова, О.А. Каманина, А.В. Мачулин, О.Н. Понаморева Показано, что в ходе иммобилизации микроорганизмов в условиях золь-гель синтеза кремнийорганических полимеров клетки являются центрами формирования архитектуры гибридного биоматериала, причем в зависимости от типа микроорганизмов формируются специфические структуры: клетки метилотрофных дрожжей Ogataeapolymorphaинкапсулированы, а уксуснокислые бактерии Gluconobacteroxydans участвуют в образовании сферических структур геля. Таким образом, используя различные микроорганизмы, можно регулировать архитектуру кремнеземных матералов, т.е. использовать клетки микроорганизмов в роли темплатов. Ключевые слова: золь-гель, кремнийорганические соединения, биомиметические структуры, инкапсулированные микроорганизмы, гетерогенный биокатализатор. Введение Многие инновационные достижения, в том числе в области новых материалов с биомиметическими структурами, инициированы живой природой. Живые организмы в процессе эволюции природных систем выстраивают различные минерализованные структуры, которые представляют собой сложные иерархические архитектуры на основе композитных биоматериалов [1]. Важнейшая функция таких систем — защита организмов и генетического материала своего вида от неблагоприятных условий. Клетки диатомовых водорослей снаружи окружены твердой силикатной оболочкой, обеспечивающей клеткам механическую защиту [2]. Неорганическая оболочка не препятствует поступлению питательных веществ в клетку. Это послужило примером для получения гибридных бионеорганических структур путем иммобилизации живых клеток в силикатные капсулы [3]. Такой подход является относительно новым направлением исследований в нанобиотехнологии и представляет собой один из путей создания биомиметических структур, так называемых «искусственных спор» («artificial spore»), на основе инкапсулированных клеток микроорганизмов [4]. Клетки, покрытые защитной оболочкой или встроенные в неорганический матрикс, являются идеальными стабильными «живыми материалами» [5] и могут использоваться как перспективные биокатализаторы, на их основе можно
Известия ТулГУ. Естественные науки. 2016. Вып. 1 4 создавать биореакторы [6], биосенсоры [7, 8], биопрепараты для деградации токсичных соединений [9], имплантаты [10] и др. [11, 12]. Матрицы на основе оксида кремния имеют преимущества перед органическими гидрогелями, которые наиболее часто используют для иммобилизации живых клеток, так как они способны удерживать воду без значительного набухания, химически и биологически инертны, механически прочны и обеспечивают жизнеспособность клеток в течение длительного времени [13]. Наиболее эффективным способом, обеспечивающим направленное регулирование текстурных характеристик кремнеземных материалов, является золь-гель метод с использованием структурообразующих агентов [14]. В качестве структурообразующих агентов могут выступать клетки микроорганизмов. Они обеспечивают формирование определенных 3Dструктур и могут выступать в роли темплатов [15] или гетерогенных биокатализаторов. Использование бактериальных клеток в роли структурообразующего агента позволяет синтезировать неорганические материалы с полыми частицами, различной формы [16]. Например, кремнеземный материал, полученный с использованием кишечной палочки, имеет удельную поверхность 68 м2/г, средний размер пор 2,5 нм и состоит из полых частиц, повторяющих морфологию бактерий [17]. Данное направление в материаловедении пористых материалов является достаточно новым и перспективным. Ранее нами было показано, что в условиях катализа фторидом натрия в нейтральной среде формируются оболочки вокруг каждой клетки дрожжей [18, 19]. В работе исследовали влияние типа микроорганизмов – метилотрофных дрожжей Ogataea polymorpha и уксуснокислых бактерий Gluconobacter oxydans – на структуру формирующегося кремнийорганического биоматрикса. Материалы и методы Штаммы микроорганизмов. В работе использовали метилотрофные бактерии Ogataea polymorpha ВКМ Y-2559и уксуснокислые бактерии Gluconobacter oxydans ВКМ B-1280(ИБФМ им. Г.К. Скрябина РАН). Культивирование метилотрофных дрожжей. Дрожжевой штамм Ogataea polymorpha ВКМ Y-2559 (далее Og.polymorpha) был получен во Всероссийской коллекции микроорганизмов Института биохимии и физиологии микроорганизмов РАН (Пущино). Культивирование дрожжей проводили на питательной среде следующего состава: (NH4)2SO4 – 2,5 г/дм3, MgSO4 — 0,2 г/ дм3, KH2PO4·3H2O — 0,7 г/дм3, NaH2PO4·2H2O – 3,0 г/дм3, дрожжевой экстракт – 0,5 г/дм3, глицерин — 8,3 см3 и микроэлементы — MnSO4 – 0,0012 г/дм3; CoCl2·6H2O – 0,0003 г/дм3; (NH4)6Mo7O24·4H2O – 0,0002 г/дм3; CaCl2·2H2O – 0,0015 г/дм3; FeSO4·7H2O – 0,01 г/дм3; ЭДТА – 0,001 г/дм3. Культуру микроорганизмов выращивали
Химические науки 5 в колбах объемом 750 см3 (объем среды 150 см3) при 28ºС и аэрации в шейкере при 190 об/мин. Инокулят вносили в количестве 1,5 % по объему среды до конечной концентрации ~106 КОЕ/см3. Биомассу помещали в колбу, содержащую 200 см3 бесфосфатной среды и индуцировали метанолом (2 см3). Индуцированную биомассу центрифугировали при 2000g в течение 15 мин, осадок промывали фосфатным буферным раствором (30 ммоль/дм3, рН 7,6). Биомассу дрожжей хранили в микропробирках при +4°С. Культивирование уксуснокислых бактерий. Бактериальный штамм Gluconobacter oxydans subsp. industrius ВКМ B-1280 (далее G. oxydans) был получен во Всероссийской коллекции микроорганизмов Института биохимии и физиологии микроорганизмов РАН (Пущино). Клетки выращивали в жидкой среде аэробно 18-20 часов в качалочных колбах объёмом 750 мл при температуре 28ºС в среде следующего состава: сорбит – 200 г/дм3, дрожжевой экстракт – 20 г/дм3, дистиллированная вода – 100 см3. Среду для выращивания бактериальных клеток стерилизовали автоклавированием при давлении 1,1 атмосфера в течение 30 мин. Посевной материал выращивали аналогично 24 часа. Объем инокулята составлял 10 % об. Биомассу собирали центрифугированием при комнатной температуре на центрифуге MiniSpin (Eppendorf AG, Германия) при 8000 об/мин (4270g) 10 минут и отмывали от культуральной среды двукратно 20 мМ фосфатным буфером рН 6,0 (соли Na2HPO4 и KH2PO4, Диа-М, Россия). Осевшие клетки рассуспендировали в свежей порции буфера, распределяли по порциям и осаждали центрифугированием 10 при 4000g. Промытую биомассу взвешивали и хранили в микропробирках при + 4ºС. Золь-гель иммобилизация биоматериала. К 0,1 см3 20 % раствора полиэтиленгликоля 3000 (ПЭГ) («Ferak Berlin», Германия) в фосфатном буферном растворе прибавляли 0,25 см3 суспензии клеток ((1,3±0,1)·109 КОЕ/см3) в фосфатном буферном растворе (20 ммоль/дм3, рН 7,6) и перемешивали в течение 3 минут (Elmi CM-70M07, Польша), добавляли 0,5 см3 смеси тетраэтоксисилана (ТЭОС) («Sigma», США) и метилтриэтоксисилана (МТЭС) («Sigma», США) и вновь перемешивали в течение 3 минут. Затем добавляли 0,025 см3 0,2 моль/дм3 раствора катализатора NaF, перемешивали 15 минут. Дыхательную активность иммобилизованных клеток оценивали с помощью биосенсорной установки [19]. Влияние УФ на дыхательную активность иммобилизованных микроорганизмов. Инкапсулированные в золь-гель матрицу микроорганизмы облучали УФ (254 нм) в течение 5 часов. Интенсивность облучения составляла 680 мкВт/см2. После облучения фрагмент гетерогенный биокатализатор с иммобилизованными клетками помещали на поверхность кислородного электрода Кларка и фиксировали с помощью
Известия ТулГУ. Естественные науки. 2016. Вып. 1 6 нейлоновой сетки, дыхательную активность иммобилизованных клеток оценивали с помощью биосенсорной установки [19]. Сканирующая электронная микроскопия (СЭМ). Образцы органосиликатной золь-гель матрицы наносили на поверхность токопроводящего скотча, который закрепляли на металлическом диске – объектодержателе. Затем на поверхность образца напыляли тонкий слой платиново-углеродной смеси. Напыление осуществляли в вакуумнонапылительной установке JEE-4X ("JEOL", Япония). Электронномикроскопический анализ образцов проводили с помощью сканирующего электронного микроскопа JSM-6510 LV ("JEOL", Япония) в режиме низкого вакуума (30 Па) при регистрации обратно-отраженных электронов (BSE). Для приготовления образцов клеток Og.polymorpha и G. oxydans клеточную суспензию ((2,0±0,2)×108 КОЕ/см3) наносили на поверхность токопроводящего скотча, после 5 минут инкубации каплю удаляли с помощью фильтровальной бумаги, поверхность промывали несколько раз водой, для удаления не связанных с поверхностью клеток. После этого скотч с образцом монтировали на поверхность объектодержателя и проводили напыление платиново-углеродной смеси. СЭМ анализ проводили в режиме низкого вакуума (30 Па) при регистрации BSE, а также в режиме высокого вакуума при регистрации вторичных электронов (SE). Результаты и их обсуждение Иммобилизация бактерий Gluconobacter oxydansв органосиликатную матрицу.Уксуснокислые бактерии. Изучение структуры получаемых матриц проводили методом сканирующей электронной микроскопии. На рис. 1 представлена золь-гель матрица без иммобилизованного биоматериала, которая представляет собой сферы размером от 1 до 5 мкм, плотно упакованные в цепочки. Однако при использовании биоматериала наблюдается образование в фронтальной структуре шаров до 50 мкм (рис. 2). При использовании 50 % об. МТЭС в составе матрицы (рис. 2А) наблюдается образование сфер, на поверхности которых находятся клетки Gluconobacteroxydans. При разрушении сфер (рис. 2Б) видно, что они полые внутри. Такие структуры при использовании в качестве биокомпонента уксуснокислых бактерий Gluconobacteroxydansв условиях основного катализа были получены впервые. Выявление механизма образования таких структур требует дополнительных исследований. Иммобилизация дрожжей Ogataea polymorpha в органосиликатную матрицу. При иммобилизации дрожжей в органосиликатные матрицы наблюдается картина, отличная от ранее полученной при иммобилизации бактерий (рис. 3).
Ри ска Р ба иммо в ч форми единую иммоб гибрид ультра Извест для ко излуче ис. 1. Изо анирующе пр а Рис. 2. Изо актериям с содер обилизова чистой ку матрицы При им ируется к ю архитек Воздейс билизова Дополни дных м афиолетов тно, что оротковол ение част ображени ей электр прекурсор ображени ми Glucon ржанием анные бак культуре ы с иммо ммобилиза капсула, ктуру гиб ствие анные ми ительным материало вого излу силикатн лнового и то исполь Х ие золь-ге ронной м ров: 50 % ие золь-ге nobactero м МТЭС 5 ктерии. В (а), изобр обилизова oxyd ации дро при это бридного ультр икроорга м доказат ов мож учения на ные матер и среднев ьзуют в м Химическ 7 ель матр микроскоп об. МТЭС б ель матр oxydans, п 50 % об. Р Вставка ражение анными б dans (СЭМ ожжевых ом инкап биоматер рафиолет низмы. ельством жно счи а иммоби риалы, в волновог микробио ие науки рицы, полу пии (соот С и 50 % рицы с им полученн Рамками бактери разрушен бактерия М) (б) клеток псулирова риала (ри тового м формиро итать р илизованн частности го диапаз ологии, би лученное с тношени об. ТЭОС ммобилиз ое с помо 1,2,3 отм и Glucon нных сфе ями Gluco вокруг анные кл с. 3). излуч ования р результат ные дрож и стекла, она УФ иотехноло с помощь ие силано С) зованным ощью СЭ мечены obacterox ер золь-ге onobacter каждой летки обр чения азных стр т возде жжи и бак непрони излучени огии, мед ью вых ми ЭМ xydans ель r клетки разуют на руктур йствия ктерии. ицаемы ия. УФ дицине
Известия ТулГУ. Естественные науки. 2016. Вып. 1 8 для стерилизации оборудования, поэтому важно понимать насколько эффективно кремнийорганические капсулы защищают живые клетки при облучении. Иммобилизованные микроорганизмы облучали УФ в коротковолновой области (λ = 254 нм), после чего определяли дыхательную активность микроорганизмов, как свидетельство их жизнеспособности. Оказалось, что дыхательная активность дрожжей практически не изменилась по сравнению с активностью необлученных дрожжевых клеток. Однако дыхания бактериальных клеток после обучения гибридного материала практически не наблюдалось. Рис. 3. Изображение золь-гель матрицы (15 %ТЭОС и 85 %МТЭС) с инкапсулированными метилотрофными дрожжами OgataeapolymorphaBKM Y-2559 (рамками 1,2,3 на рисунке выделены капсулы, содержащие дрожжи Og. polymorpha) (СЭМ). Вставка: изображение клеток метилотрофных дрожжей OgataeapolymorphaBKM Y2559 в чистой культуре (СЭМ) Эти результаты подтверждают образование капсул вокруг дрожжевых, но не бактериальных клеток, и указывают на беспрецедентные защитные функции кремнийорганического матрикса, что следует учитывать при разработке различных биотехнологий. Так, при использовании инкапсулированных дрожжей в качестве биокатализатора УФ-облучение можно использовать для периодической стерилизации биореактора, что позволит избежать микробной контаминации. Таким образом, тип микроорганизмов играет важную роль в формировании 3D-структуры органомодифицированных золь-гель матрицы. Используя различные микроорганизмы можно регулировать
Химические науки 9 архитектуру золь-гель матрицы и использовать микроорганизмы в роли темплатов. Заключение В ходе работы метилотрофные дрожжи Ogataea polymorpha и уксуснокислые бактерии Gluconobacter oxydans были иммобилизованы в кремнийорганические золь-гель матрицы. Показано, что в условиях основного катализа микроорганизмы играют важную роль при фотмировании архитектуры гибридного биоматериала. Причем в зависимости от типа микроорганизмов формируются специфические структуры: клетки дрожжей Ogataea polymorpha инкапсулированы, а бактерии Gluconobacter oxydans участвуют в образовании сферических структур геля. Работа выполнена при поддержке РФФИ (грант 16-43-710183р_центр_а) Списоклитературы 1. Wang S., Guo Z. Bio-inspired encapsulation and functionalization of living cells with artificial shells // Colloids and Surfaces B: Biointerfaces. 2014. V. 113, I. 1. P. 483–500. 2. Meunier P.F., Dandoy P., Su B.L. Encapsulation of cells within silica matrixes: Towards a new advance in the conception of living hybrid materials // Journal of Colloid and Interface Science. 2010. V. 342. P. 211-224. 3. Living bacteria in silica gels/N.Nassif, O.Bouvet, M.Noelle Rager et al. // Nat Mater. 2002. V. 1, I. 1. P. 42-44. 4. Artificial spores: cytocompatible encapsulation of individual living cells within Thin, Tough Artificial Shells / S.H.Yang, D.Hong, J.Lee et al. // Small. 2013. V. 9, I. 2. P. 178-186. 5. Meunier P.F., Dandoy P., Su B.-L. Encapsulation of cells within silica matrixes: Towards a new advance in the conception of living hybrid materials // Journal of Colloid and Interface Science. 2010. V. 342. P. 211-224. 6. Dickson D. J., Ely R. L. Silica sol-gel encapsulation of cyanobacteria: lessons for academic and applied research // Appl Microbiol Biotechnol. 2013. V. 97, I. 5. P. 1809-1819. 7. Co-immobilized microbial biosensor for BOD estimation based on sol–gel derived composite material / J.Jia, M.Tang, X.Chen et al. // Biosensors and Bioelectronics. 2003. V. 18, I. 8. P. 1023-1029. 8. Depagne P., Roux P., Coradin V. How to design cell-based biosensors using the sol-gel process // Anal Bioanal Chem. 2011. V. 400, I. 4. P. 965-976. 9. Use of silica-encapsulated Pseudomonas sp. strain NCIB 9816-4 in biodegradation of novel hydrocarbon ring structures found in hydraulic
Известия ТулГУ. Естественные науки. 2016. Вып. 1 10 fracturing waters / K.G.Aukema,L.Kasinkas,A.Aksan et al.// Organic Geochemistry 2014 Vol.75 P. 1-27. 10. Fibroblast encapsulation in hybrid silica–collagen hydrogels / M.F.Desimone, P.Hélary, G.Mosser et al. // Journal of Materials Chemistry. 2010. V. 20, I. 4. P. 666. 11. Blondeau M., Coradin V. Living materials from sol-gel chemistry: current challenges and perspectives // Journal of Materials Chemistry. 2012. V. 22, I. 42. P. 22335-22343. 12. Encapsulation of cells within silica matrixes: Towards a new advance in the conception of living hybrid materials / J.Van Wijk, P.F.Meunier, P.Dandoy et al.// Journal of Colloid and Interface Science. 2010. V. 342. P. 211224. 13. Evaluation of sol-gel silica matrices as inoculant carriers for Mesorhizobium spp. cells / G.S.Alvarez, F.L.Pieckenstain, M.F.Desimone et al. // Current Reseach, Technology and Education Topics in Applied Microbiology and Microbioal Biotechnology / Mendez-Vilas A.FORMATEX, 2010. P. 160166. 14. Collinson M. M. Recent trends in analytical applications of organically modified silicate materials // TrAC Trends in Analytical Chemistry. 2002. V. 21, I. 1. P. 31-39. 15. Zhou H. Hydrothermal synthesis of ZnO hollow spheres using spherobacterium as biotemplates // Microporous and Mesoporous Materials. 2007. V. 100. P. 322-327. 16. Nomura T. Fabrication of silica hollow particles using Escherichia coli as a template // Materials Letters. 2008. V. 62. P. 3727-3729. 17. Nomura T. Synthesis of hollow silica microparticles from bacterial templates // Advanced Powder Technology. 2010. V. 21. P. 218–222. 18. Synthesis of organosilicon sol-gel matrices and preparation of heterogeneous biocatalysts based on them / O.A.Kamanina, D.G.Fedoseeva, T.V. Rogova et al. // Russ. J. Appl. Chem. 2014. P. 761–766. 19. Yeast-based self-organized hybrid bio-silica sol–gels for the design of biosensors /O.N.Ponamoreva, O.A.Kamanina, V.A.Alferov et al. // Biosens. Bioelectron. 2015. P. 321–326. Бурмистрова Татьяна Вячеславовна, магистрант, tatyana.burmistrova.94@mail.ru, Россия, Тула, Тульский государственный университет. Лаврова Дарья Геннадьевна, магистрант, d.g.fedoseeva@gmail.com, Россия, Тула, Тульский государственный университет, Каманина Ольга Александровна, к.х.н, ассистент, o.a.kamanina@gmail.com, Россия, Тула, Тульский государственный университет, Мачулин Андрей Валериевич, к.б.н., научный сотрудник, and.machul@gmail.com, Россия, Пущино, Институт биохимии и физиологии микроорганизмов РАН, Понаморева Ольга Николаевна,д.х.н., зав. кафедрой биотехнологии, olgaponamoreva@mail.ru, Тульский государственный университет