Расшифровка кристаллических структур в программном комплексе OLEX2

В. В. Гуржий, А. А. Золотарев

РАСШИФРОВКА 

КРИСТАЛЛИЧЕСКИХ СТРУКТУР 
В ПРОГРАММНОМ КОМПЛЕКСЕ 

OLEX2

ИЗДАТЕЛЬСТВО САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКОГО УНИВЕРСИТЕТА

САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ

Учебное пособие

УДК 548.0+548.73+539.26
ББК 26.31
 
Г95

Ре це н з е н т ы: канд. геол.-минер. наук, доц. Г. Л. Старова (Института химии СПбГУ),

канд. геол.-минер. наук, ст. науч. сотр. О. В. Каримова (ИГЕМ РАН)

Рекомендовано к печати Учебно-методической комиссией Института наук о Земле 

Санкт-Петербургского государственного университета 

Г95

Гуржий В. В., Золотарев А. А.
Расшифровка кристаллических структур в программном комплексе OLEX2: учеб. посо
бие. — СПб.: С.-Петерб. гос. ун-т, 2017. — 79 с. (Работа на современных монокристальных дифрактометрах)
ISBN 978-5-288-05766-3

В настоящем издании описан один из наиболее популярных программных комплексов расшиф
ровки структур кристаллических соединений — OLEX2. В основу пособия положена оригинальная 
документация создателей программного комплекса. Авторы дополнили ее практическими советами и 
личными наблюдениями, полученными при работе с комплексом.

Пособие предназначено студентам старших курсов, магистрантам и аспирантам Института наук 

о Земле и Института химии СПбГУ, может быть полезно специалистам в качестве практического руководства при работе с OLEX2.

УДК 548.0+548.73+539.26

ББК 26.31

Настоящая работа выполнена при поддержке гранта Президента РФ 

для ведущих научных школ (НШ-10005.2016.5)

 
©  В. В. Гуржий, А. А. Золотарев, 2017

 
©  Санкт-Петербургский государственный 

ISBN 978-5-288-05766-3 
 
университет, 2017

Оглавление

Предисловие .............................................................................................................................................................. 
5

Введение. Общие сведения ..................................................................................................................................... 
7

0.1. Интерфейс OLEX2 .................................................................................................................................... 
7

0.2. Работа с файлами .......................................................................................................................................... 
8

0.3. Решение структуры ....................................................................................................................................... 
8

0.4. Уточнение структуры ................................................................................................................................... 
9

1.  Команды, применяемые в OLEX2 ..................................................................................................................
10

1.1. Изменение вида структуры ......................................................................................................................... 
11

1.2. Комбинации клавиш .................................................................................................................................... 
12

1.3. Фиксированные / уточняемые параметры ............................................................................................... 
13

1.4. Обработка координации атомов ................................................................................................................ 
14

1.5. Операции симметрии ................................................................................................................................... 
16

1.6. Моделирование разупорядочения: ограничение и фиксирование (Constraints и Restraints) ......... 
18

1.7. Примеры синтаксиса выделения структурных фрагментов ................................................................. 
22

1.8. Операции с массивом дифракционных данных ...................................................................................... 
22

1.9. Настройка панели управления OLEX2 ................................................................................................... 
23

1.10. Выходные данные: таблицы, сообщения, рисунки ............................................................................... 
25

1.11. Анализ структуры ....................................................................................................................................... 
27

2.  Примеры задач, решаемых с помощью OLEX2 ............................................................................................ 
30

2.1. Сопоставление молекул ............................................................................................................................... 
30

2.2. Копирование схемы нумерации атомов с одного фрагмента структуры на другой ......................... 
31

2.3. Определение стандартных отклонений для рассчитанных геометрических параметров ............... 
31

2.4. Выделение «маленьких» атомов ................................................................................................................. 
32

2.5. Изменение размера эллипсоидов тепловых колебаний ......................................................................... 
33

2.6. Контроль визуализации структуры и текста консоли ............................................................................ 
33

2.7. Некоторые визуальные эффекты ............................................................................................................... 
33

2.8. Составление итоговых таблиц с выборочными данными ..................................................................... 
37

2.9. Построение упаковки молекул или наращивание структуры .............................................................. 
37

2.10. Редактирование рабочих файлов ............................................................................................................. 
38

2.11. Изменение установки пространственной группы ................................................................................ 
38

2.12. Режим «подгонки» структуры .................................................................................................................. 
38

2.13. Библиотека молекул с идеализированной геометрией......................................................................... 
40

2.14. Оформление результатов расшифровки структуры ............................................................................. 
41

3.  Пример расшифровки структуры ..................................................................................................................... 
43

3.1. Решение структуры ....................................................................................................................................... 
43

3.1.1. Начало работы ..................................................................................................................................... 
43

7.1.2. Создание проекта ................................................................................................................................ 
43

3.1.3. Решение структуры ............................................................................................................................. 
44

3.2. Уточнение структуры ................................................................................................................................... 
48

3.2.1. Расстановка атомов ............................................................................................................................. 
48

3.2.2. Уточнение модели кристаллической структуры ........................................................................... 
53

3.2.3. Нумерация атомов .............................................................................................................................. 
55

3.2.4. Расстановка атомов водорода ........................................................................................................... 
57

3.2.5. Окончательное уточнение структурной модели ............................................................................ 
59

3.2.6. Весовая схема ....................................................................................................................................... 
59

3.3. Дополнительные опции уточнения структуры ....................................................................................... 
60

3.3.1. Определение линейных и угловых параметров структурной модели ....................................... 
60

3.3.2. Высокие пики остаточной электронной плотности ..................................................................... 
61

3.3.3. Полнота данных .................................................................................................................................. 
62

3.3.4. Возврат к предыдущим этапам уточнения структуры ................................................................. 
63

3.4. Создание изображений ................................................................................................................................ 
64

3.5. Создание cif-файла ....................................................................................................................................... 
65

3.6. Данные автоматической проверки файла b175.cif (Check Cif Report) ................................................. 
67

3.7. Данные автоматического отчета уточнения структуры b175 ............................................................... 
70

Приложение ............................................................................................................................................................... 
74

Рекомендуемая литература ..................................................................................................................................... 
78

Предисловие

В 1912 г. группа ученых под руководством выдающегося немецкого физика Макса фон Лауэ открыла явление дифракции рентгеновских лучей на кристаллах. С тех пор главной и наиболее важной 
«спутницей» кристаллографии является рентгенография, которая позволяет не только заглянуть 
вглубь вещества, но и определить его атомную структуру. В настоящее время очень трудно представить солидную научную работу, посвященную анализу твердого вещества, без рентгенофазовых или 
рентгеноструктурных исследований. Работы в области кристаллографии и рентгенографии 100 лет 
назад считались «физическими», что было отмечено и первыми Нобелевскими лауреатами: Максом 
фон Лауэ (1914 г., по физике, за открытие дифракции рентгеновских лучей на кристаллах), а также 
У. Г. и У. Л. Брэггами (1915 г., по физике, за исследование структуры кристаллов рентгеновскими лучами). В дальнейшем кристаллографические работы стали в значительной степени «химическими». 
Это и труды Л. Полинга (Нобелевская премия 1954 г. по химии, за исследование природы химической связи и ее применение для определения структуры соединений), и расшифровки первых 
структур макромолекулярных соединений М. Перуца и Дж. Кендрю (премия 1962 г. по химии, за исследования структуры глобулярных белков), и разработка математического аппарата для решения 
структур кристаллов Х. А. Хауптмана и Дж. Карле (премия 1985 г., по химии, за разработку прямого 
метода расшифровки структур). И чем дальше развивалась наука, тем более междисциплинарной 
становилась кристаллография и тем более широкие задачи она могла решать. 2014 год был объявлен 
ЮНЕСКО «Международным годом кристаллографии».

Говоря о развитии и достижениях рентгенографии, нельзя не сказать о ее «геологической» зна
чимости. Так, современное материаловедение во многом является развитием минералогических открытий прошлых веков, а для детального изучения состава Земли и процессов, происходящих или 
происходивших в ее недрах, необходимо знать фазовый состав горных пород, а зачастую еще и кристаллическую структуру слагающих их минералов. Собственно, рентгеновская кристаллография 
началась с изучения монокристаллов, и за прошедшие 100 лет ни объекты, ни метод исследования 
нисколько не утратили своей значимости, а даже, наоборот, укрепили свои позиции в экспериментальной науке с развитием приборных технологий. Принципиально метод получения дифракционной картины не изменился со времен Лауэ и Брэггов: те же рентгеновские трубки (оснащенные 
сейчас системами острой фокусировки), те же фотопластины (передающие информацию об интенсивности в цифровом формате) и гониометры (обладающие гораздо более точными механизмами 
вращения). Если еще 15 лет назад для получения «хороших» дифракционных данных нужны были 
монокристаллы размером не менее 1 мм, то сейчас кристаллы размером 0.1 мм отнюдь не являются «маленькими». Но за последние годы обновились не только машинные технологии, но и программное обеспечение. Современные программы для расшифровки кристаллических структур могут помочь в обработке массива дифракционных данных, получении координат атомов, слагающих 
структуру, определении межатомных расстояний, торсионных и валентных углов, визуализации 
структурной модели и во многом другом.

В феврале 2013 г. в рамках реализации Программы развития Санкт-Петербургского государ
ственного университета (СПбГУ), утвержденной Правительством Российской Федерации, был 
создан Ресурсный центр «Рентгенодифракционные методы исследования». На сегодняшний день 
СПбГУ располагает 18 новейшими порошковыми и монокристальными дифрактометрами ведущих 
мировых производителей: Bruker, Rigaku, Rigaku Oxford Diffraction. Ученые из многих российских 
институтов и университетов имеют возможность проводить исследования в нашем университете. 
Возникла необходимость в создании ряда пособий, которые облегчат знакомство с этим оборудо

ванием и обработку полученной информации. Данное учебное пособие является первым в серии 
практических руководств по работе на современных монокристальных дифрактометрах, предназначенных как для студентов старших курсов, магистрантов и аспирантов специальностей Института наук о Земле и Института химии СПбГУ., так и для специалистов других научных организаций. 

В настоящей издании описан один из наиболее популярных программных комплексов расшиф
ровки структур кристаллических соединений — OLEX2. Он был создан 10 лет назад в Даремском 
университете (Великобритания) группой ученых, среди которых выпускник Московского государственного университета Олег Доломанов. Комплекс OLEX2 не только включает в себя программы 
для решения и уточнения структур, он может поддерживать работу таких известных кристаллографам программ, как SHELX, SUPERFLIP и PLATON: при запуске OLEX2 «находит» эти файлы в компьютере и включает в свой функционал. Кроме того, это очень удобный графический редактор 
структурных данных. Он обладает мощным математическим аппаратом для анализа межатомных 
взаимодействий.

Программный комплекс OLEX2 свободно распространяется и регулярно обновляется, в том 

числе с учетом комментариев пользователей. Его можно скачать с сайта www.olexsys.org. Подробная информация содержится в статье, на которую создатели просят ссылаться при применении 
комплекса: Dolomanov O. V., Bourhis L. J., Gildea R. J., Howard J. A. K., Puschmann H. OLEX2: A complete
structure solution, refinement and analysis program // Journal of Applied Crystallography. 2009. Vol. 42. 
P. 339–341. На сайте также можно узнать самые последние новости, загрузить обновления, задать 
вопросы или оставить отзывы о работе программы.

Составляя данное руководство, авторы рассчитывают на имеющиеся у читателя знания основ 

рентгеноструктурного анализа, а также принципов расшифровки структур с использованием программного комплекса SHELX. Данный набор классических программ для расшифровки структур, 
разработанный научной группой проф. Дж. Шелдрика (Университет г. Геттинген), можно скачать 
с сайта shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX, а познакомится с работой в SHELX можно с помощью методического пособия С. В. Кривовичева [1] или оригинальных работ разработчиков.

Прежде чем приступить к обсуждению программного комплекса, хочется отметить, что, как 

и другие Руководства, данная книга содержит только некоторые опциональные сведения, которые 
могут вам помочь на начальном этапе освоения комплекса. В основу пособия был положен перевод 
официального руководства OLEX2, а также некоторых описаний программы, взятые из других источников. Более глубокое понимание алгоритмов работы программного комплекса придет исключительно с опытом и во многом зависит от вашего желания освоить процессы уточнения структуры.

Стоит отметить, что внешний вид окон, вкладок, фона и т. д. может немного отличаться от 

приведенных в данном руководстве: это зависит от версии программы и использованных вами настроек.

Введение. Общие сведения

0.1. Интерфейс OLEX2

Программный комплекс OLEX2 имеет удобный графический интерфейс пользователя (Graphical 
User Interface, GUI) с сопутствующими элементами управления для решения и уточнения структур.

После запуска OLEX2 открывается главное окно программы (рис. 1), в котором можно выделить 

четыре главные области. Главное меню располагается в верхней части программного окна. В правой 
области располагается Панель управления GUI, которая иногда называется также Панель HTML. На 
Рабочем поле отображается исследуемая молекула. На заднем плане рабочего поля воспроизводятся 
данные уточнения структуры, а также сообщения (подсказки) комплекса OLEX2. В нижней части 
окна находится Командная строка. Начните набирать команду, и она появится в левом нижнем углу, 
а результат выполнения команды будет выведен на рабочем поле.

Рис. 1. Главное окно программного комплекса OLEX2

Главное меню содержит такие классические разделы, как File, Edit, View и Help, а также ряд 

специализированных — Structure, Mode, Tools, Model и Select, включающие в себя наиболее часто 
используемые при работе со структурной моделью операции. Но поскольку разделы Главного меню
полностью совпадают с разделами Панели управления GUI, для уточнения кристаллической структуры удобнее использовать графический интерфейс последней.

Информация на панели управления GUI начинается с рабочего названия массива дифракци
онных данных, пространственной группы симметрии, параметров элементарной ячейки, а также 
параметрах уточнения модели кристаллической структуры. Следом на Панели управления GUI располагаются пять основных вкладок:

• Home — быстрые ссылки на последние структуры, руководства пользователя и настройки про
граммного обеспечения;

• Work — в этом меню находятся команды для решения и уточнения структуры, для создания 

отчетов. Основная часть работы проводится как раз на этой вкладке панели управления GUI;

• View — с этой вкладки происходит управление средствами визуализации структуры. Здесь 

можно выбрать стиль рисования (представление структуры в виде каркаса, эллипсоидов или 
координационных полиэдров), сгенерировать изображение упаковки или рассчитать геометрические параметры;

• Tools — содержит дополнительные команды для уточнения структуры, которые будут необхо
димы для работы с нетривиальными случаями (например, разупорядочение или двойникование);

• Info — дает подробную статистику об исходных данных, параметрах решения и уточнения 

структуры. Эту вкладку чаще всего приходится использовать, когда уточнение структуры проходит не совсем гладко.

0.2. Работа с файлами

При первом запуске программы на рабочем поле появится молекула сахарозы. В дальнейшем при 
открытии OLEX2 вы будете видеть структуру, с которой работали последний раз и на той же стадии 
уточнения.

Существует несколько способов открыть новую структуру:

• 
перетащить любой из поддерживаемых файлов в рабочее окно OLEX2;

• 
воспользоваться ссылкой Open Existing Structure (Открыть существующую структуру) на 
вкладке Home | Start панели управления GUI;

• 
воспользоваться пунктом главного меню File | Open;

• 
использовать главное меню File и выбрать в нем недавнюю структуру.

Чаще всего с программой ассоциируют файлы формата SHELX с расширениями *.ins, *.res или 

*.cif. Программное обеспечение практически всех современных дифрактометров позволяет создать 
подобный файл после обработки экспериментальных данных.

Если файл, который вы открываете, содержит структурную модель, ее изображение появится 

на рабочем поле. Если модель отсутствует, то сначала вам придется провести операцию «Решение 
структуры».

Стоит отметить, что все операции по решению (уточнению) кристаллической структуры со
храняются в скрытой папке .olex, расположенной в рабочей директории, поэтому в случае необходимости всегда можно вернуться к более ранним стадиям работы со структурной моделью, воспользовавшись панелью GUI: Work | History.

0.3. Решение структуры

После получения дифракционных данных первым шагом на пути к расшифровке структуры является «Решение структуры». Эта операция осуществляется специальными программами (SHELXS, 
SHELXT, SUPERFLIP, SIR или непосредственно olex2.solve), встроенными в программный комплекс 
OLEX2. Для хороших дифракционных данных в большинстве случаев процесс решения структуры 
пройдет удачно, и только крайне редко могут возникнуть серьезные проблемы. Другими словами, 
если все прошло хорошо с дифракционным экспериментом, то вы вряд ли столкнетесь с проблемами на этапе решения структуры.

Все перечисленные программы имеют различные настройки, которые могут быть выставлены 

непосредственно в OLEX2, поэтому нет необходимости в редактировании файлов вне программного комплекса.

В результате операции «Решение структуры» получается некая «Начальная модель», наилуч
шая, исходя из расчетов, но может быть не адекватная с химической точки зрения: не определены 
все атомы или структура в целом выглядит не совсем корректно. Модель, отображаемая на рабочем 
поле, представляет собой начальный набор атомов и/или пиков электронной плотности в трехмерном пространстве, соответствующий кристаллографически независимой части структурного комплекса — возможное положение атомов в молекуле.

Процесс решения структуры запускается через панель GUI: Work | Solve. При нажатии на кноп
ку ↓ рядом с разделом Solve откроется дополнительная панель, на которой можно выбрать программу для решения структуры (например, SHELXS или olex2.solve), метод решения (например, прямой 
метод или метод Паттерсона), задать химическую формулу и пространственную группу. Альтернативным вариантом решения структуры является указание в командной строке команды solve, что 
также начнет процесс решения с использованием текущих установок.

Иногда решение структуры с использованием программы SHELXS является неоптимальным 

или даже неправильным. Есть возможность проверить все варианты решения, задав в командной 
строке: tref 5 (см. разд. 3.1). Можно просмотреть варианты решения, удерживая клавишу <Ctrl> 
и нажимая на клавиши стрелок вверх / вниз. Выбрав понравившуюся модель, нажмите клавишу 
<Enter>. Варианты решения структуры сохраняются в виде набора файлов *.res и *.lst в новой папке 
olex_sol внутри рабочей директории.

0.4. Уточнение структуры

Следующим шагом к расшифровке является «Уточнение структуры». Этот этап также может 
быть осуществлен при помощи программ, встроенных в комплекс OLEX2 (например, SHELXL или 
olex2.refine). Уточнение структуры — циклический процесс улучшения модели, который включает 
в себя:

1) 
определение / назначение всех позиций неводородных атомов;

2) 
уточнение позиций неводородных атомов;

3) 
уточнение модели в анизотропном приближении;

4) 
определение / назначение позиций атомов водорода;

5) 
ввод различных поправок, допусков и ограничений. 

Всегда стоит помнить, что конечная модель — не абсолютная истина, а всего лишь наиболее 

достоверная интерпретация экспериментальных данных, качество которых зачастую несет определяющее значение.

Стадия уточнения лежит в основе процесса определения структуры. Сначала кристаллограф 

определяет и, возможно, вносит изменения в структурную модель. Впоследствии, используя программы уточнения, он сопоставляет модель с массивом дифракционных данных (файл *.hkl). При 
этом в процессе уточнения происходит не только сравнение рассчетных и экспериментальных данных. Используемая программа также пытается переместить атомы и скорректировать другие параметры модели, чтобы добиться лучшего соответствия. После цикла уточнения (корректировки 
программой) структурная модель возвращается для дальнейшего совершенствования, которое во 
многом опирается на химические и кристаллографические знания и опыт исследователя.

1. Команды, применяемые в OLEX2

В OLEX2 отсутствует специальное окно (или консоль) для ввода команд — командная строка интегрирована в основную оболочку программы и располагается под рабочим полем. Команды можно 
набирать в любой момент при активной программе (на какой бы вкладке панели GUI вы не находились). Сама команда, а также программный ответ появятся в левом нижнем углу рабочего поля. 
В дальнейшем этот текст будет прокручиваться вверх, отображаясь фоном позади молекулы. Количество видимых строк текста может быть установлено с помощью команды lines n. Также можно переключать режимы отображения, используя комбинацию клавиш <Ctrl>+T: только молекулы, 
только текст или обе опции одновременно (режим «по умолчанию»). Текстовый файл всегда можно 
проанализировать отдельно в стандартном редакторе, введя команду text.

Большинство команд в OLEX2 имеют тот же синтаксис, что и у программы SHELX: команда со
стоит из четырех букв так, что подобно аббревиатуре дает подсказку о функции команды. Многие 
команды, доступные например из XP, могут быть использованы в модели OLEX2. Кроме того, все 
команды SHELXL и SHELXS интерпретированы в OLEX2 и использованы для построения внутренней структурной модели OLEX2. Эта модель применяется непосредственно для уточнения olex2.
refine, в то время как файл shelx.ins генерируется, если для уточнения были выбраны программы 
SHELXL/XH.

Все команды в OLEX2 могут заполняться автоматически, если ввести начальные буквы коман
ды и нажать клавишу <Tab>. Если автозаполнение невозможно из-за того, что есть более одной 
команды, начинающейся с набранных букв, будет выведен список этих команд, что, как показывает 
практика, значительно облегчает работу.

Далее в разд. 1.1–1.11 представлены таблицы с командами, применяемыми в OLEX2, с разъяс
нением их назначения.

Выделение
Если один или более атомов выделены на рабочем поле, то команда будет применяться только для 
выделенных атомов. Если ни один из атомов не выделен, то команда будет применяться для всех атомов. Вместо выделения атомов на рабочем поле можно указать список атомов в командной строке 
вместе с названием команды. Если команда была успешно выполнена, выделение атомов автоматически снимается (хотя существует несколько исключений для этого правила).

Режим выполнения
Если OLEX2 находится в каком-либо режиме выполнения, то действие будет применено для всех последовательно выбранных атомов. В режиме выполнения курсор изменяет свой вид (вместо обычной стрелки). Чтобы выйти из режима выполнения, достаточно нажать клавишу <Esc>.

Условные обозначения
• 
{a, b, c} — в фигурные скобки заключаются варианты выбора a, b или c. Например, описание команды fix {occu, xyz, Uiso} [атомы] означает, что команду можно выполнять как 
«fix occu [атомы]», так и «fix xyz [атомы]» или «fix Uiso [атомы]».

• 
[val=2] — в квадратных скобках указывается опциональный параметр. Он не является обязательным для выполнения команды, и при его отсутствии будет принято значение по умолчанию.

• 
–k — переключатель режима.

• 
i — символ, выделенный курсивом, означает переменную.

• 
[атомы] — в квадратных скобках указывается произвольный набор обозначений атомов через 
пробел. Обозначение атома составляется из символа периодической таблицы и порядкового 
номера. Атомы могут быть выделены на рабочем поле до введения команды либо перечислены 
в командной строке. Если не будет выделено или указано ни одного атома, команда будет применена для всех атомов.

• 
атомы — обязательный набор атомов. Атомы могут быть выделены на рабочем поле до введения команды либо перечислены в командной строке.

• 
Прописные буквы — используются в командах, которые непосредственно будут влиять на 
структурную модель в процессе уточнения. Эти команды станут частью структурной модели 
и появятся во входном файле SHELX. Обращаем внимание, что в программе эти команды могут 
быть введены как прописными, так и строчными буквами.

Примеры команд представлены в подобном формате: refine 4 20 и на практике могут быть 

использованы в таком же сочетании. В данном случае уточнение структуры пройдет в 4 цикла, а 
в завершении программа выдаст список из 20 пиков остаточной электронной плотности.

1.1. Изменение вида структуры

Команда
Параметры
Описание

matr
[1,2,3 или abc] [-r],
или [abc a1b1c1] 
[-r],
или [x11 x12 x13 y11 
y12 y13 z11 z12 z13] 
[-r]

Ориентирует модель вдоль a (1 или 100), b (2 или 010), c (3 или 
001) или любого другого кристаллографического направления, например 123, и, таким образом, нормаль к проекции будет ориентирована вдоль вектора (1*a 2*b 3*c). Два кристаллографических направления («от» и «к») могут задать ориентировку нормали к проекции вдоль вектора («от»—«к»). Кроме того, может быть указана 
полная декартова матрица. Если направления заданы или состоят 
из нескольких чисел, то все компоненты должны быть одинаковой 
длины, например 120101 или –1+1+1 (то же, что и –10101). Если для 
команды не указаны переменные, то программа определит настоящую декартову матрицу.
–r: применяют для ориентировки модели в обратном пространстве.

Пример:
matr 1, matr a, или matr 100 — ориентирует нормаль проекции 
вдоль кристаллографического направления a;
matr 100 011 — ориентирует нормаль проекции вдоль вектора 
(100—011), направление поменяется, если «от» и «к» поменять местами

rota
[ось угол]
или [x y z угол шаг]

Поворачивает модель вокруг указанной оси на определенный угол 
(если заданы два аргумента) или задает непрерывное вращение вокруг оси (если указаны пять аргументов). Обращаем внимание, что 
ось X ориентирована горизонтально, ось Y — вертикально, ось Z
направлена по направлению от экрана.

Пример:
rota x 90 — поворачивает структуру на 90° вокруг оси X;
rota 0 0 1 90 1 — задает непрерывное вращение в плоскости 
экрана (вокруг оси Z) в секторе 90° с шагом 1°

direction
Команда выводит ориентировку нормали к текущей проекции 
в кристаллографических координатах и пытается сопоставить его 
с кристаллографическими направлениями

mpln
[атомы] [-n] [-r] 
[-rings]

Рассчитывает лучшую плоскость, проходящую через текущую выборку или заданные атомы, или все видимые атомы (если не указано никакого значения).

–n — устанавливает вид вдоль нормали к плоскости;
–r — создает правильную плоскость;
–rings — рассчитывает плоскости для всех циклов, заданных темплатом, например NC5

gl.zoom
значение
Позволяет задать увеличение (масштаб) изображения на рабочем 
поле.
Это применимо для приведения разных структур к одной шкале. 
Причем значение 1 соответствует размеру 1 Å для наименьшего 
из параметров экрана.
Чтобы узнать текущее значение увеличения, используйте команду 
gl.getzoom

Модель структуры можно вращать, удерживая левую кнопку мыши и перемещая курсор (или 

используя сочетание клавиш <Shift> + стрелки). Если при вращении удерживать клавишу <Ctrl>, оно 
будет осуществляться вокруг оси Z. Изменять увеличение можно, удерживая правую кнопку мыши 
и перемещая курсор (или с помощью клавиш <Shift> + <Home>/<End>, или клавиши <Alt> + левая 
кнопка мыши). Перемещать модель в плоскости просмотра можно, нажав <Shift> + <Ctrl> и левую 
кнопку мыши (или левую и правую кнопки мыши). Настройки мыши «по умолчанию» могут быть 
изменены для некоторых режимов (в частности, для режима расщепления). Также некоторые объекты (ячейка, базисные векторы, текстовые ячейки) могут управляться мышью отдельно (например, изменение масштаба для базисных векторов или перемещение текстовых ячеек при нажатой 
клавише <Shift>).

1.2. Комбинации клавиш

Команда
Клавиши
Описание

ShowQ
<Ctrl> + Q
Переключение между режимами:
• показать пики электронной плотности;
• показать пики электронной плотности со связями;
• скрыть пики электронной плотности

ShowH
<Ctrl> + H
Переключение между режимами:
• показать атомы водорода;
• показать атомы водорода с внутренними водородными 

связями;

• скрыть атомы водорода

ShowStr
<Ctrl> + T
Переключение между режимами:
• показывать только структуру;
• показывать структуру и текст;
• показывать только текст

sel –i
<Ctrl> + I
Инверсия текущего выделения. Например, если было выделено два атома, после ввода команды выделенным станет 
всё, включая связи, кроме этих двух атомов