Основы методологии и методы исследования аномалий и патологий амфибий
Покупка
Издательство:
ФЛИНТА
Автор:
Вершинин Владимир Леонидович
Год издания: 2017
Кол-во страниц: 80
Дополнительно
Вид издания:
Учебное пособие
Уровень образования:
ВО - Бакалавриат
ISBN: 978-5-9765-3063-8
Артикул: 682770.01.99
Учебное пособие составлено на основе литературных и авторских материалов 37-летней практики мониторинга аномалий земноводных. Цель издания - координация исследований для получения сравнимых результатов на основе единых методик. Обозначены методологические подходы, приведены классификации аномалий, примеры структуры баз данных, методы сбора, обработки, качественного и количественного анализа. Книга адресована зоологам и экологам, специалистам, работающим в области морфогенеза, экологического мониторинга, преподавателям, студентам-биологам.
Скопировать запись
Фрагмент текстового слоя документа размещен для индексирующих роботов
Министерство образования и науки Российской Федерации Уральский федеральный университет имени первого Президента России Б. Н. Ельцина В. Л. ВЕРШИНИН ОСНОВЫ МЕТОДОЛОГИИ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ АНОМАЛИЙ И ПАТОЛОГИЙ АМФИБИЙ Рекомендовано в качестве учебного пособия для студентов, обучающихся по программам бакалавриата и магистратуры по направлениям подготовки 060301 «Биология», 060401 «Биология», 050306 «Экология», 050406 «Экология». 2-е издание, стереотипное Москва Издательство «ФЛИНТА» Издательство Уральского университета 2017
УДК 597.6:591.4.068.1 В 37 Рецензенты: Филинкова Т. Н., кандидат биологических наук, доцент кафедры биологии, экологии и методики их преподавания УрГПУ; Жигальский О. А., доктор биологических наук, профессор, заведующий лабораторией ИЭРиЖ УрО РАН. Вершинин В. Л. Вершинин, В. Л. В 37 Основы методологии и методы исследования аномалий и патологий амфибий [Электронный ресурс] : [учеб. пособие] / В. Л. Вершинин — 2-е изд., стер. — М. : ФЛИНТА : Изд-во Урал. ун-та, 2017. — 80 c. Основы методологии и методы исследования аномалий и патологий амфибий : [учеб пособие] / В. Л. Вершинин. - Екатеринбург : Изд-во Урал. ун-та, 2015. - 80 с. ISBN 978-5-9765-3063-8 (ФЛИНТА) (Изд-во Урал. ун-та) ISBN 978-5-7996-1420-1 Учебное пособие составлено на основе литературных и авторских материалов 3 7-летней практики мониторинга аномалий земноводных. Цель издания - координация исследований для получения сравнимых результатов на основе единых методик. Обозначены методологические подходы, приведены классификации аномалий, примеры структуры баз данных, методы сбора, обработки, каче-ственного и количественного анализа. Книга адресована зоологам и экологам, специалистам, работающим в области морфогенеза, экологического мониторинга, преподавателям, студентам- биологам. УДК 597.6:591.4.068.1 ISBN 978-5-9765-3063-8 (ФЛИНТА) Вершинин В. Л., 2015 (Изд-во Урал. ун-та) ISBN 978-5-7996-1420-1
СОДЕРЖАНИЕ ВВЕДЕНИЕ. ОСНОВЫ МЕТОДОЛОГИИ . . . . . . . . . . . . . . . . .5 Глава 1. ПРОФИЛИРОВАНИЕ МОРФООБЛИКА И СТРУКТУР ОРГАНИЗМА . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .10 Глава 2. ПЛАНИРОВАНИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ И СБОР ПЕРВИЧНОГО МАТЕРИАЛА . . . . . . . . . . . . . . . . . .15 Рандомизация . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .15 Репрезентативность выборок . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .16 Выборочные методы . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .17 Использование таблиц случайных чисел . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .21 Независимость . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .23 Объем выборки . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .24 Оценка ошибок . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .26 Соглашение о пяти процентах . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .27 Мощность, величина эффекта и объем выборки . . . . . . . . . . . . .28 Статистическая значимость и реальная достоверность . . . . . . . .33 Глава 3. СТРУКТУРЫ БАЗ ДАННЫХ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .37 Глава 4. КЛАССИФИКАЦИИ АНОМАЛИЙ . . . . . . . . . . . . . .40 Принципы классификации аномалий . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .40 Аномалии икры и кладок амфибий . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .45 Патологии развития эмбрионов остромордой лягушки, Rana arvalis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .46 Аномалии личинок амфибий . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .49 Классификация внешних морфологических аномалий бесхвостых амфибий . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .52 Классификация девиантных форм скелета бесхвостых амфибий . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .54 3
Варианты внешних морфологических аномалий хвостатых амфибий . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .58 Классификация инфекций и инвазий амфибий . . . . . . . . . . . . . . .61 Патологии печени и других органов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .61 Глава 5. МЕТОДИКИ ПРОСВЕТЛЕНИЯ МЯГКИХ ТКАНЕЙ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63 Метод Даусона . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .63 Приготовление и применение бинарного красителя . . . . . . . . . . .64 Методика изготовления и применения бинарного красителя . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .65 Протокол по просветлению и окраске хрящевых и костных структур для исследования . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .66 Глава 6. СХЕМА РАСЧЕТНЫХ ПАРАМЕТРОВ ПОЛУЧЕННЫХ ПЕРВИЧНЫХ ДАННЫХ . . . . . . . . . . . . . . .68 Простые показатели . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .68 Расчетные показатели . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .69 Интерпретация результатов . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .70 Глава 7. БИОИНДИКАЦИОННОЕ ЗНА ЧЕНИЕ АНОМАЛИЙ . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .72 Биоиндикационные параметры . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .74 4
ВВЕДЕНИЕ. ОСНОВЫ МЕТОДОЛОГИИ От того, что мы будем знать, зависит то, чем мы станем... Жан Ростан Любой признак обладает генетической основой, определяющей пределы реализации его формообразовательной потенции. Дефинитивный облик складывается в ходе онтогенеза в результате интеграции носителя генотипа в конкретные условия среды. По современным представлениям [Инге-Вечтомов, 2010], изменчивость формируется на основе сложного взаимодействия реплицируемого генотипа и экспрессии регуляторов морфогенеза, в котором условия среды играют роль медиатора. Формирование в ходе онтогенеза любых фенотипических признаков как структурных (например, пятипалая конечность), так и окрасочных (характерный для вида рисунок) происходит при внутригеномных взаимодействиях систем генов-регуляторов [Kondo, Mura, 2010; Hox Genes, 2012] по принципу реакционно-диффузионной модели А. Тьюинга [Turing, 1952]. От уровня экспрессии генов-интеграторов морфогенеза в конкретных условиях среды зависит дефинитивный облик особи. Исследования, ограниченные рамками морфологической «нормы» (в пределах модальных классов кривой нормального распределения), связаны главным образом с изучением внутривидового разнообразия, определяющегося гомеостатированием популяций вида в условиях разнообразной в пределах ареала среды [Вавилов, 1967]. Эти сведения связаны не столько с незавершенностью процессов эволюции, сколько с различной адаптированностью популяций, слагающих вид. Поэтому такой подход закрывает возможность к получению информации именно об эволюционных преобразованиях (трендах), так как крайние, наиболее уклоняющиеся (варианты по Ч. Дарвину) значения являются членами того же множества [Вершинин, 2009]. Эволюционный процесс, проявляющийся в постоянной трансформации генетических систем, в определенном смысле «не различает» видов как таковых (что созвучно номиналистским пред5
ставлениям Ж.-Б. Ламарка о виде как о формальной категории, существующей только в человеческом сознании) и направлен на их разрушение (дестабилизацию) или преобразование [Ламарк, 1935]. Известно, что девиантные или аномальные формы одних видов встречаются у близких видов того же таксона в качестве нормы [Evolution, 1988]. У генетически близких форм - видов одного рода могут быть гомологичные гены и проявляющие одинаковую изменчивость [Вавилов, 1967]. В соответствии с законом гомологических рядов, в близких таксонах многие признаки проявляются параллельно. Исследование гомологических рядов показывает, что они наиболее отчетливо прослеживаются на уровне родов [Розанов, 1973]. Гомологические ряды - отражение блочного модульного принципа структуры биологических систем, подразумевающего, что эволюционные преобразования одноименных структур связаны с перераспределением функциональных блоков близких или идентичных у различных организмов [Уголев, 1990]. Как эволюционные инновации, так и морфозы (аномалии) далеко выходят за пределы модальной части распределения. Кроме того, что закономерности формирования морфозов и эволюционных преобразований обладают «единой логикой», так как и те и другие базируются на одной материальной основе, определенным образом их канализирующей, поскольку, в соответствии с принципом блочности, «все ныне сущее возникло за счет комбинаторики исходно возникшего небольшого числа неких инвариантных доменов, которые далее комбинировались в разных сочетаниях» [Инге-Вечтомов, 2004]. Эволюция действует путем «перелицовки старого» [Jacob, 1977], так как ее возможности лежат в пределах биохимических особенностей вида (варианты, для формирования которых нет никакой наследственной основы для возникновения, не появятся) [Тимофеев-Ресовский и др., 1973]. Одним из важнейших следствий основ и механизмов морфогенеза является единство закономерностей на молекулярном и морфологическом уровнях, подчиняющихся принципу блочности биологических структур и их преобразования (тандемные дупликации, полимеризация, дивергенция, олигомеризация, редукция, новообразование) [Догель, 1954; Северцов, 1939; Ohno, 1970; Britten, Davidson, 1971]. 6
Как феномен тераты с давних времен привлекали внимание человечества, что имеет множество документальных подтверждений [Леруа, 2011]. Однако сами по себе важные коллекционные материалы (своеобразные «кунсткамеры») еще не обеспечивают понимания. Необходим перевод накопленной информации об аномалиях в область рационального знания. Путь этот в первую очередь лежит в направлении понимания их эволюционного значения, молекулярных механизмов морфогенеза вкупе с экологической и регуляторной составляющими, на основе знаний о которых становится возможным переход к оценке здоровья среды (биоиндикации). Первый шаг в нужном направлении был сделан в XVIII в. В. Гете [Goethe, 1790] на растениях, а позднее Жоффруа СентИлером [Saint-Hilaire, 1822] в XIX в. на животных и человеке. Изучение аномалий в строении растений способствовало появлению книги В. Гете «Метаморфоз растений» [Goethe, 1790] с изложением гипотезы о происхождении органов высших растений. Ж. Сент-Илер [Saint-Hilaire, 1822] использовал сведения по тератологии для подкрепления своих трансформистских взглядов. Нельзя не вспомнить, что именно пелории льнянки навели К. Линннея (в 1776 г.) на мысль о возможности появления новых видов. Для каждого вида характерно наличие специфического спектра и частот морфологических аномалий, это «функция способа морфогенеза» пока данный вид существует [Коваленко, 2003]. Соотношение потенциального и реализованного спектров аномалий определенным образом характеризует среду, в которой существует популяция. Можно сказать, что условия, в которых экспрессируют Hox-гены (регуляторы и координаторы морфогенеза), «профилируют» морфооблик популяции, в том числе и спектр аномалий. Библиографические ссылки Вавилов Н. И. Закон гомологичных рядов в наследственной изменчивости: Линнеевский вид как система. Л.: Наука, 1967. С. 1-92. Вершинин В. Л. Девиантные формы морфологической изменчивости амфибий как метод исследования микроэволюционных процессов // Эко7
логия в высшей школе: синтез науки и образования : материалы Всерос. науч.-практ. конф. 30 марта - 1 апреля 2009 г. Ч. 1. Челябинск: Изд-во Челяб. гос. пед. ун-та, 2009. С. 13-19. Догель В. А. Олигомеризация гомологичных органов как один из главных путей эволюции животных. Л.: Изд. ЛГУ , 1954. С. 338. Инге-Вечтомов С. Г. Блочный принцип в теории эволюции. Перспективы и парадоксы // Фундаментальные зоологические исследования. Теория и методы. М. - СПб.: Т-во научных изданий КМК, 2004. С. 74-87. Инге-Вечтомов С. Г. Изменчивость, матричный принцип и теория эволюции // Чарльз Дарвин и современная биология : труды Международ. науч. конф. «Чарльз Дарвин и современная биология» (21-23 сентября 2009 г., Санкт-Петербург). СПб.: Нестор-История, 2010. С. 49-60. Коваленко Е. Е. Эффект нормы признака и его теоретическое значение // Эволюционная биология: история и теория. СПб., 2003. Вып. 2. С. 66-87. Ламарк Ж.-Б. Философия зоологии. Т. 1. Л.-М.: Биомедгиз, 1935. 330 с. Леруа А. М. Мутанты. М.: Астрель: CORPUS, 2011. 560 с. Розанов А. Ю. Закономерности морфологической эволюции археоциат и вопросы ярусного расчленения нижнего кембрия. М.: Наука, 1973. 164 с. Северцов А. Н. Морфологические закономерности эволюции. М. Л.: Изд-во АН СССР, 1939. 610 с. Тимофеев-Ресовский Н. В., Яблоков А. В., Глотов Н. В. Очерк учения о популяции. М.: Наука, 1973. 278 с. Уголев А. М. Концепция универсальных функциональных блоков и дальнейшее развитие учений о биосфере, экосистемах и биологических адаптациях // Эволюция биохимии и физиологии. 1990. Т. 26, № 4. С. 441-454. Britten R., Davidson E. Repetitive and Non-repetitive DNA Sequences and a Speculation on the Origin of Evolutionary Novelty // Quart. Rev. Biol. 1971. V. 46. P. 111-138. Evolution and morphogenetic rules: the shape of the vertebrate limb in ontogeny and phylogeny / G. F. Oster, N. Shubin, J. D. Murray, P. Alberch // Evolution. 1988. V. 42, № 5. P. 862-884. Goethe J. W. Versuch die Metamorphose der PÀanzen zu erkllren. Gotha: C. W. Ettinger, 1790. 86 S. Hox Genes Regulate Digit Patterning by Controlling the Wavelength of a Turing-Type Mechanism / R. Sheth, L. Marcon, M. F. Bastida, M. Junco, L. Quintana, R. Dahn, M. Kmita, J. Sharpe, M. A. Ros // Science. 2012. V. 338. P. 1476-1980. 8